ในการดำเนินคดีปกครองของศาลปกครอง จะมีสำนักงานศาลปกครองทำหน้าที่เป็นหน่วยงานธุรการของศาลปกครองคือ ทำหน้าที่เป็นฝ่ายสนับสนุนเพื่อให้การดำเนินการของศาลปกครอง เป็นไปได้ด้วยดี และมีประสิทธิภาพ

พรบ.จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 มาตรา 77 กำหนดให้สำนักงานศาลปกครองมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

1. รับผิดชอบในงานธุรการของศาลปกครอง
2. ดำเนินการเกี่ยวกับคดีปกครองตามคำสั่งของศาลปกครอง
3. ดำเนินการบังคับให้เป็นไปตามคำบังคับของศาลปกครอง
4. ศึกษาและรวบรวมข้อมูลเพื่อประโยชน์แก่การปฎิบัติงานของศาลปกครอง
5. วิเคราะห์เหตุแห่งการฟ้องคดีปกครองเพื่อเสนอแนะแนวทางการปรับปรุงวิธีปฎิบัติราชการต่อหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้อง
6. จัดพิมพ์และเผยแพร่คำพิพากษาหรือคำสั่งของศาลปกครอง
7. จัดให้มีการศึกษาอบรมเพื่อพัฒนาความรู้ของตุลาการศาลปกครอง ข้าราชการฝ่ายศาลปกครองและเจ้าหน้าที่อื่นของรัฐที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนประสานงานกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องเพื่อพัฒนาหลักกฎหมายมหาชน การบริหารราชการแผ่นดิน และบุคลากรด้านกฎหมายมหาชน
8. ปฏิบัติการอื่นตามบทบัญญัติแห่งพระราชบัญญัตินี้ หรือตามที่มีกฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของสำนักงานศาลปกครองx

สำนักงานศาลปกครองเป็นส่วนราชการที่เป็นหน่วยงานอิสระตามรัฐธรรมนูญ มีฐานะเป็นนิติบุคคล โดยมีเลขาธิการสำนักงานศาลปกครองเป็นผู้บังคับบัญชา ขึ้นตรงต่อประธานศาลปกครองสูงสุดในการบริหารงานสำนักงานศาลปกครอง โดยแบ่งเป็น 36 หน่วยงาน ประกอบด้วย 16 สำนักงานศาล 16 สำนัก 2 วิทยาลัย และ 2 กลุ่มขึ้นตรงต่อเลขาธิการสำนักงานศาลปกครอง