ศาลปกครองสูงสุดมีศาลเดียวจึงไม่มีข้อจำกัดด้านเขตอำนาจ ดังนั้นคดีที่อยู่ในอำนาจของศาลปกครองสูงสุด ไม่ว่ามูลคดีจะเกิดที่ใด หรือผู้ฟ้องคดีมีภูมิลำเนาอยู่ที่ใดก็สามารถฟ้องคดีต่อศาลปกครองสูงสุดได้ เพียงแต่ต้องยื่นฟ้องให้ถูกต้องตามหลักเกณฑ์ที่กฎหมายกำหนด คดีที่ต้องยื่นฟ้องต่อศาลปกครองสูงสุดโดยตรง ถ้าเป็นคดีตามมาตรา 11 (1) (2) และ (3) หรือคดีที่ต้องยื่นอุทธรณ์ต่อศาลปกครองชั้นต้น ถ้าเป็นคดีอุทธรณ์คำพิพากษาหรือคำสั่งของศาลปกครองชั้นต้นตาม มาตรา 11 (4)
ตำแหน่งตุลาการในศาลปกครองสูงสุด
(1) ประธานศาลปกครองสูงสุด
(2) รองประธานศาลปกครองสูงสุด
(3) ตุลาการหัวหน้าคณะศาลปกครองสูงสุด
(4) ตุลาการศาลปกครองสูงสุด
(5) ตุลาการศาลปกครองสูงสุดที่เรียกชื่ออย่างอื่นตามที่ ก.ศป. ประกาศกำหนด
องค์คณะในศาลปกครองสูงสุด
ในศาลปกครองสูงสุดต้องมีตุลาการอย่างน้อย 5 คน จึงจะเป็นองค์คณะพิจารณาพิพากษา
นอกจากนี้ ในวิธีพิจารณาคดีปกครองยังมีตำแหน่งตุลาการในศาลปกครองสูงสุด ในกระบวนพิจารณาอีก 2 ตำแหน่งที่มีความสำคัญ แต่มิได้มีการกำหนดให้ผูกพันกับบัญชีอัตราเงินเดือนและเงินประจำตำแหน่ง คือ ตุลาการเจ้าของสำนวนซึ่งแต่งตั้งโดยตุลาการหัวหน้าคณะจากตุลาการในองค์คณะนั้น และตุลาการผู้แถลงคดีซึ่งประธานศาลปกครองสูงสุดจะแต่งตั้งจากตุลาการในศาลปกครองสูงสุดหรือจะแต่งตั้งจากตุลาการในศาลปกครองชั้นต้นก็ได้
คดีที่อยู่ในอำนาจศาลปกครองสูงสุด
คดีปกครองที่อยู่ในอำนาจของศาลปกครองสูงสุด 4 ประเภทตามมาตรา 11 คือ
(1) คดีพิพาทเกี่ยวกับคำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยข้อพิพาทตามที่ที่ประชุมใหญ่ตุลาการในศาลปกครองสูงสุดประกาศกำหนด ขณะนี้ที่ประชุมใหญ่ฯ ยังไม่ได้กำหนดให้คดีพิพาทเกี่ยวกับคำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยข้อพิพาทฟ้องต่อศาลปกครองสูงสุดได้ จึงต้องฟ้องคดีดังกล่าวต่อศาลปกครองชั้นต้น เพราะเป็นคดีตามมาตรา 9 วรรคหนึ่ง (1) อยู่แล้ว และเมื่อใดที่มีประกาศกำหนดของที่ประชุมใหญ่ฯ ให้คำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยข้อพิพาทใดฟ้องต่อศาลปกครองสูงสุดได้ ก็ต้องใช้หลักเกณฑ์ตามมาตรา 9 วรรคหนึ่ง (1) อำนาจของศาลในการพิพากษาคดีจะเป็นไปตามมาตรา 72 วรรคหนึ่ง (1)
(2) คดีพิพาทเกี่ยวกับความชอบด้วยกฎหมายของพระราชกฤษฎีกา หรือกฎที่ออกโดยคณะรัฐมนตรี หรือโดยความเห็นชอบของคณะรัฐมนตรี โดยปกติคดีประเภทนี้ก็เป็นคดีลักษณะเดียวกับคดีตามมาตรา 9 วรรคหนึ่ง (1) นั่นเอง แต่ด้วยความสำคัญของกฎดังกล่าวจึงให้ฟ้องต่อศาลปกครองสูงสุดได้โดยตรง อำนาจของศาลในการพิพากษาคดีจะเป็นไปตามมาตรา 72 วรรคหนึ่ง (1)
(3) ลักษณะคดีที่มีกฎหมายเฉพาะกำหนดให้อยู่ในอำนาจของศาลปกครองสูงสุด ตัวอย่างเช่น มาตรา 116 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือน พ.ศ. 2551 กำหนดให้ ผู้อุทรณ์คำสั่งลงโทษที่ไม่เห็นด้วยกับคำวินิจฉัยอุทรณ์ของคณะกรรมการพิทักษ์ระบบคุณธรรม (ก.พ.ค.) ให้ฟ้องคดีต่อศาลปกครองสูงสุด ภายในเก้าสิบวันนับแต่วันที่ทราบหรือถือว่าทราบคำวินิจฉัยของ ก.พ.ค.
(4) คดีที่อุทธรณ์คำพิพากษาหรือคำสั่งของศาลปกครองชั้นต้น คดีประเภทนี้มีการกำหนดขั้นตอนการตรวจอุทธรณ์ การพิจารณาอุทธรณ์และการพิพากษาหรือมีคำสั่งในคดีอุทธรณ์ไว้โดยเฉพาะ
อนึ่ง คดีตาม (1) และ (2) ข้างต้น ผู้ฟ้องคดีอาจเรียกค่าเสียหายตามมาตรา 9 วรรคหนึ่ง (3) ไปพร้อมกันก็ได้ ซึ่งศาลปกครองสูงสุดก็จะมีอำนาจพิพากษาเช่นเดียวกับศาลปกครองชั้นต้น ดังที่กล่าวมาแล้ว