ในส่วนที่เกี่ยวกับวิธีพิจารณาคดีในศาลปกครองนั้นจะใช้ ระบบไต่สวนแทนที่จะเป็น ระบบกล่าวหาอย่างที่ประชาชนทั่วไปคุ้นเคย ก่อนอื่นจะต้องเข้าใจถึงความแตกต่างในพื้นฐานระหว่างวิธีพิจารณาคดีปกครองในศาลปกครองกับวิธีพิจารณาคดีแพ่งในศาลยุติธรรมที่นักกฎหมายไทยส่วนใหญ่มีความเข้าใจและคุ้นเคยตลอดเวลาที่ผ่านมา